O Congresso foi estruturado em quatro eixos temáticos: formação profissional do médico; estratégias educacionais na formação médica; desenvolvimento e valorização docente; processos avaliativos na escola médica. Um quinto eixo, Humanidades foi programado com a intenção de integrar os outros eixos e, de maneira horizontal, perpassar as atividades acadêmicas com a proposta de alinhá-las às atividades culturais.
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